Spectrométrie de masse

Responsable Scientifique 
 
Christophe MARCHAND
 
IR-CNRS_UMR 8226
 

Ingénieur Plateforme

Marion HAMON

IE-CNRS_FRC 550
 
proteomics@ibpc.fr

Présentation

Récemment mis en place à l’IBPC grâce à des financements LABEX et EQUIPEX, le Plateau Protéomique de l’IBPC met ses équipements et son savoir-faire au service de la communauté scientifique.

Les objectifs du plateau sont :

  • Conseiller les chercheurs sur les techniques disponibles sur le plateau après avoir définis avec eux leurs besoins en analyses
  • Réaliser les analyses de la préparation des échantillons à l’exploitation des résultats
  • Développer de nouvelles techniques d’analyses en fonction des besoins des chercheurs telle que la quantification de type label-free
  • Former les chercheurs aux techniques de préparation d’échantillons, d’analyses et d’exploitation de résultats

Le plateau propose des prestations de type collaborative ou de service afin de répondre au mieux aux besoins des chercheurs.

Equipements

La plateforme de spectrométrie de masse de l’IBPC est dotée :

  • d’un spectromètre de masse en tandem neuf à très haute résolution Q Exactive (Thermoscientific) couplé en amont à une nano-chromatographie liquide à ultra haute performance Nano Easy1000 (Thermoscientific)
  • d’un spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF Axima Performance (Shimadzu)
  • d’un sysystème HPLC permettant une chromatographie préparative et analytique

Analyses

La plateforme propose différents types d’analyses:

Préparation d’échantillon Digestion gel d’électrophorèse (spot ou bande)

Digestion en solution

Purification de peptides C18

Identification de protéines purifiées (mélange peptidique simple)

Identification de protéines en mélange complexe (séparation chromatographique préalable)
 
Mesure de masse sur protéine entière (en solution)
 
Protéomique quantitative : développement de techniques type label free

Des protocoles sont disponibles ci-dessous mais une prise de contact avec le plateau est recommandée avant toute préparation d’échantillon

Protocoles

Pour toute demande d’analyse contacter : proteomics@ibpc.fr

Publications

Réservation

Un planning de réservation du MALDI-TOF est désormais disponible en ligne pour le personnel formé de l’IBPC. Pensez à réserver.

https://resa-equipement.ibpc.fr/

Pour toute demande de réservation externe à l’IBPC, ou pour toute demande de formation contacter proteomics@ibpc.fr

Liste des travaux pour lesquels la plateforme et son personnel ont été associés

2023

Coutelier H, Ilioaia O, Le peillet J, Hamon M, D’Amours D, Teixeira MT, Xu Z. (2023)
Polo kinase Cdc5 is regulated at multiple levels in the adaptation response to telomere dysfunction. Genetics. Doi: 10.1093/genetics/iyac171.

Ligneres L, Sénécaut N, Dang T, Bellutti L, Hamon M, Terrier S, Legros V, Chevreux G, Lelandais G, Mège RM, Dumont J, Camadro JM. (2023) Extending the Range of SLIM-Labelling Applications: From Human Cell Lines in Culture to Caenorhabditis elegans Whole Organism Labeling. J Proteome Res. Mar 3;22(9):996-1002. Doi: 10.1021/acs. jproteome.2c00699.

Allouche D, Kostova G, Hamon M, Marchand CH, Caron M, Belhocine S, Christol N, Charteau V, Condon C, Durand S.(2023) New RoxS sRNA Targets Identified in Bacillus subtilis by Pulsed SILAC. Microbiol Spectr. 20:e0047123. doi: 10.1128/spectrum.00471-23.


2022

De Carpentier F, Maes A, Marchand CH, Chung C, Durand C, Crozet P, Lemaire SD, Danon A. (2022) How abiotic stress-induced socialization leads to the formation of massive aggregates in Chlamydomonas. Plant Physiol. kiac321. doi: 10.1093/plphys/kiac321.

Mattioli EJ, Rossi J, Meloni M, De Mia M, Marchand CH, Tagliani A, Fanti S, Falini G, Trost P, Lemaire SD, Fermani S, Calvaresi M, Zaffagnini M. Structural Snapshots of nitrosoglutathione binding and reactivity underlying S-nitrosylation of phosphosynthetic GAPDH. (2022) Redox Biol;54:102387. doi: 10.1016/j.redox.2022.102387.

Borde C, Dillard C, L’Honoré A, Quignon F, Hamon M, Marchand CH, Faccion RS, Costa MGS, Pramil E, Larsen AK, Sabbah M, Lemaire SD, Maréchal V, Escargueil AE. The C-Terminal Acidic Tail Modulates the Anticancer Properties of HMGB1. Int J Mol Sci. 2022 Jul 17;23(14):7865. doi:10.3390/ijms23147865.

2021

Boussac A, Sellés J, Hamon M,SugiuraM. (2021)Properties of Photosystem II Lacking the PsbJ subunit. Photosynthesis Research. doi: 10.1007/s11120–021–00880–w

Tagliani A, Rossi J, Marchand CH, De Mia M, Tedesco D, Gurrieri L, Meloni M, Falini G, Trost P, Lemaire SD, Fermani S, Zaffagnini M. Structural and functional insights into nitrosoglutathione reductase from Chlamydomonas reinhardtii. (2021) Redox Biol.;38:101806. doi: 10.1016/j.redox.2020.101806.

H. Coutelier, O. Ilioaia, J. Le Peillet, M. Hamon, D. Amours, M. T. Teixeira and Z. Xu (2021). bioRxiv: 2021.2010.2020.465143. The Polo kinase Cdc5 is regulated at multiple levels in the adaptation response to telomere dysfunction

2020

Martins L, Knuesting J, Bariat L, Dard A, Freibert SA, Marchand CH, Young D, Dung NHT, Voth W, Debures A, Saez-Vasquez J, Lemaire SD, Lill R, Messens J, Scheibe R, Reichheld JP, Riondet C. (2020) Redox Modification of the Iron-Sulfur Glutaredoxin GRXS17 Activates Holdase Activity and Protects Plants from Heat Stress. Plant Physiol. 184(2):676-692.

Dezaire A, Marchand CH, Vallet M, Ferrand N, Chaouch S, Mouray E, Larsen AK, Sabbah M, Lemaire SD, Prado S, Escargueil AE (2020) Secondary Metabolites from the Culture of the Marine-derived Fungus Paradendryphiella salina PC 362H and Evaluation of the Anticancer Activity of Its Metabolite Hyalodendrin. Mar Drugs. 3;18(4):191.

2019

Zaffagnini M, Marchand CH, Malferrari M, Murail S, Bonacchi S, Genovese D, Montalti M, Venturoli G, Falini G, Baaden M, Lemaire SD, Fermani S, Trost P. (2019) Glutathionylation primes soluble glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase for late collapse into insoluble aggregates. Proc Natl Acad Sci U S A. 17;116(51):26057-26065.

Shao Z, Borde C, Marchand CH, Lemaire SD, Busson P, Gozlan JM, Escargueil A, Maréchal V. (2019). Detection of IgG directed against a recombinant form of Epstein-Barr virus BALF0/1 protein in patients with nasopharyngeal carcinoma. Protein Expr Purif. 162:44-50

Marchand CH, Fermani S, Rossi J, Gurrieri L, Tedesco D, Henri J, Sparla F, Trost P, Lemaire SD, Zaffagnini M. (2019). Structural and Biochemical Insights into the Reactivity of Thioredoxin h1 from Chlamydomonas reinhardtii. Antioxidants (Basel). 8(1). pii: E10.

2018

Butcher F, Hamon M, Gäbelein P, Scholz M, Hippler M, Wollman FA. (2018). The labile interactions of cyclic electron flow effector proteins. J Biol Chem. 293(45):17559-17573.

Zhan Y, Marchand CH, Maes A, Mauries A, Sun Y, Dhaliwal JS, Uniacke J, Arragain S, Jiang H, Gold ND, Martin VJJ, Lemaire SD, Zerges W. (2018). Pyrenoid functions revealed by proteomics in Chlamydomonas reinhardtii. PLoS One. 13(2):e0185039.

2017

Pérez-Pérez ME, Mauriès A, Maes A, Tourasse NJ, Hamon M, Lemaire SD, Marchand CH. (2017). The Deep Thioredoxome in Chlamydomonas reinhardtii: New Insights into Redox Regulation. Mol Plant. 10(8):1107-1125

2016

Berger H, De Mia M, Morisse S, Marchand CH, Lemaire SD, Wobbe L, Kruse O. (2016) A Light Switch Based on Protein S-Nitrosylation Fine-Tunes Photosynthetic Light Harvesting in Chlamydomonas. Plant Physiol. 171(2):821-32.

Liste des travaux pour lesquels la plateforme et son personnel ont été remerciés

Caillet J, Baron B, Boni IV, Caillet-Saguy C, Hajnsdorf E. (2019). Identification of protein-protein and ribonucleoprotein complexes containing Hfq. Sci Rep. 9(1):14054.

Dautant A, Henri J, Wales TE, Meyer P, Engen JR, Georgescauld F. (2019). Remodeling of the Binding Site of Nucleoside Diphosphate Kinase Revealed by X-ray Structure and H/D Exchange. Biochemistry. 58(10):1440-1449

Actualités

Poster : Proteomic Platform (IBPC) : a mass spectrometry facility open to the scientific community

Newsletter des plaeteformes de l’IBPC 1