Plateforme de visualisation
Visualisation
La plate-forme de visualisation offre aux chercheurs un mur de grands écrans stéréoscopiques (4,4 m de largeur et 1,8 m de hauteur) à haute résolution (résolution de 7680 x 3240) pour explorer/manipuler leurs données, visualiser des images à haute résolution (SEM, Confocal, etc.), visualiser des structures de macromolécules et des trajectoires de simulation en 3D et visualiser différentes données simultanément grâce à la grande zone de visualisation.
Contact
Responsable scientifique
Marc Baaden
DR- UPR 9080
baaden@smplinux.de
Ingénieur plateforme
Hubert Santuz
IE CNRS – UPR9080
hubert.santuz@ibpc.fr
Equipements
La plateforme a été utilisée pour la construction et la validation de structures résolues par cristallographie ou Cryo-EM, ou pour l’exploration de données atomiques et structurales. L’aspect immersif de la plateforme permet également d’explorer des ensembles moléculaires complexes en groupes afin de faciliter la formulation d’hypothèses. Dans la même salle, des casques de réalité virtuelle immersifs sont également disponibles, pour des ensembles de données tridimensionnelles très complexes. Des logiciels personnalisés sont développés pour exécuter des tâches hautement spécialisées, en plus d’une large gamme de logiciels communs mis à disposition pour couvrir les besoins des utilisateurs. L’équipement de la plateforme et sa convivialité la rendent idéale pour être utilisée dans un contexte plus large que la biologie ou la bioinformatique. Elle est régulièrement utilisée dans des projets d’histoire des sciences, ainsi que dans l’éducation et la vulgarisation scientifique.
Prestations
La plateforme propose aux chercheurs un mur d’écrans stéréoscopique de grande taille et de haute
résolution pour l’exploration/manipulation de leur données. Il est possible, notamment :
- Afficher des images hautes résolutions (MEB, Confocal, etc)
- Afficher des structures de macromolécules et des trajectoires de simulations en 3D (Pymol, Chimera, Coot, VMD, UnityMol, etc)
- Visualiser simultanément différentes données grâce à la grande surface de visualisation.
- Afficher simultanément le contenu de PC Portables (jusqu’à 4) sur le mur afin de faciliter les échanges lors de réunions.
Remerciements & Tarification
L’établissement de la tarification des prestations réalisées par la plateforme est en cours de réalisation.
Liste de publications
1. Versini, R.; Sritharan, S.; Aykac Fas, B.; Tubiana, T.; Aimeur, S. Z.; Henri, J.; Erard, M.; Nüsse, O.; Andreani, J.; Baaden, M.; Fuchs, P.; Galochkina, T.; Chatzigoulas, A.; Cournia, Z.; Santuz, H.; Sacquin-Mora, S.; Taly, A. A Perspective on the Prospective Use of AI in Protein Structure Prediction. J. Chem. Inf. Model. 2024, PMID: 38124369
2. Zhang, Y.; Baaden, M. Molecular Insights into Substrate Binding of the Outer Membrane Enzyme OmpT. Catalysts 2023, 13 (2), 214. https://doi.org/10.3390/catal13020214.
3. Lanrezac, A.; Baaden, M. UNILIPID, a Methodology for Energetically Accurate Prediction of Protein Insertion into Implicit Membranes of Arbitrary Shape. Membranes 2023, 13 (3), 362. https://doi.org/10.3390/membranes13030362.
4. Kuťák, D.; Vázquez, P.-P.; Isenberg, T.; Krone, M.; Baaden, M.; Byška, J.; Kozlíková, B.; Miao, H. State of the Art of Molecular Visualization in Immersive Virtual Environments. Computer Graphics Forum 2023, 42 (6), e14738. https://doi.org/10.1111/cgf.14738.
5. Gagelin, A.; Largeau, C.; Masscheleyn, S.; Piel, M. S.; Calderón-Mora, D.; Bouillaud, F.; Hénin, J.; Miroux, B. Molecular Determinants of Inhibition of UCP1-Mediated Respiratory Uncoupling. Nat Commun 2023, 14 (1), 2594. https://doi.org/10.1038/s41467-023-38219-9.
6. Corey, R. A.; Baaden, M.; Chavent, M. A Brief History of Visualizing Membrane Systems in Molecular Dynamics Simulations. Front. Bioinform. 2023, 3. https://doi.org/10.3389/fbinf.2023.1149744.
7. Spalvieri, D.; Mauviel, A.-M.; Lambert, M.; Férey, N.; Sacquin-Mora, S.; Chavent, M.; Baaden, M. Design – a New Way to Look at Old Molecules. J Integr Bioinform 2022, 19 (2), 20220020. https://doi.org/10.1515/jib-2022-0020.
8. Molza, A.-E.; Westermaier, Y.; Moutte, M.; Ducrot, P.; Danilowicz, C.; Godoy-Carter, V.; Prentiss, M.; Robert, C. H.; Baaden, M.; Prévost, C. Building Biological Relevance Into Integrative Modelling of Macromolecular Assemblies. Front. Mol. Biosci. 2022, 9. https://doi.org/10.3389/fmolb.2022.826136.
9. Lanrezac, A.; Laurent, B.; Santuz, H.; Férey, N.; Baaden, M. Fast and Interactive Positioning of Proteins within Membranes. Algorithms 2022, 15 (11), 415. https://doi.org/10.3390/a15110415.
10. Lanrezac, A.; Férey, N.; Baaden, M. Wielding the Power of Interactive Molecular Simulations. WIREs Computational Molecular Science 2022, 12 (4), e1594. https://doi.org/10.1002/wcms.1594.
11. Baaden, M. Deep inside Molecules — Digital Twins at the Nanoscale. Virtual Reality & Intelligent Hardware 2022, 4 (4), 324–341. https://doi.org/10.1016/j.vrih.2022.03.001.
12. Martinez, X.; Baaden, M. UnityMol Prototype for FAIR Sharing of Molecular-Visualization Experiences: From Pictures in the Cloud to Collaborative Virtual Reality Exploration in Immersive 3D Environments. Acta Cryst D 2021, 77 (6), 746–754. https://doi.org/10.1107/S2059798321002941.
13. Hardiagon, A.; Murail, S.; Huang, L.-B.; van der Lee, A.; Sterpone, F.; Barboiu, M.; Baaden, M. Molecular Dynamics Simulations Reveal Statistics and Microscopic Mechanisms of Water Permeation in Membrane-Embedded Artificial Water Channel Nanoconstructs. J Chem Phys 2021, 154 (18), 184102. https://doi.org/10.1063/5.0044360.
14. Martinez, X.; Hardiagon, A.; Santuz, H.; Murail, S.; Barboiu, M.; Sterpone, F.; Baaden, M. Using Computer Simulations and Virtual Reality to Understand, Design and Optimize Artificial Water Channels. In Advances in Bionanomaterials II; Piotto, S., Concilio, S., Sessa, L., Rossi, F., Eds.; Springer International Publishing: Cham, 2020; pp 78–99. https://doi.org/10.1007/978-3-030-47705-9_8.
15. Martinez, X.; Baaden, M. Scruter Les Molécules En Réalité Virtuelle, Pour Quoi Faire ? L’Actualité Chimique 2020, No. 448, 23–26.
16. Maes, A.; Martinez, X.; Druart, K.; Laurent, B.; Guégan, S.; Marchand, C. H.; Lemaire, S. D.; Baaden, M. MinOmics, an Integrative and Immersive Tool for Multi-Omics Analysis. Journal of Integrative Bioinformatics 2018, 15 (2). https://doi.org/10.1515/jib-2018-0006.