Plateforme de spectrométrie de masse
Spectrométrie de masse
La plateforme offre une expertise en spectrométrie de masse et peut assister les scientifiques dans leurs analyses protéomiques, qu’il s’agisse de protéines purifiées ou d’échantillons protéiques complexes.
Nos services vont du simple contrôle de qualité des protéines recombinantes et de l’identification des protéines à la quantification relative des protéomes et à la caractérisation des modifications post-traductionnelles.
La plateforme réalise régulièrement des expériences de quantification sans marquage, mais aussi des analyses de quantification relative après marquage chimique ou métabolique (p. ex. SILAC). Les analyses de données sont effectuées avec les logiciels MaxQuant/Perseus ou ProteomeDiscoverer. Selon la nature de l’analyse, l’échantillon fourni sera sous forme liquide ou dérivé d’un gel SDS-PAGE. Nous pouvons également conseiller et former les chercheurs et les étudiants à la préparation des échantillons et à l’analyse des résultats.
Contact
Responsable scientifique
Ingénieur plateforme
Marion HAMON
IE CNRS – FR 550
Mail : proteomics@ibpc.fr
Actualités
Poster : Proteomic Platform (IBPC) : a mass spectrometry facility open to the scientific community
Equipements
La plateforme est équipée de deux spectromètres de masse : un MALDI-TOF/TOF Axima Performance (Shimadzu) et un système d’électrospray Q-Exactive plus couplé à un système de chromatographie liquide à ultra-haute performance Vanquish Neo nano-flow acquis en 2023 (Thermofisher Scientific), ainsi qu’un système HPLC conventionnel (détecteurs UV et DAD).
Système HPLC permettant une chromatographie préparative et analytique.
Spectromètre de masse en tandem neuf à très haute résolution Q Exactive (Thermoscientific) couplé en amont à une nano-chromatographie liquide à ultra haute performance Nano Easy1000 (Thermoscientific).
Spectromètre de masse MALDI-TOF/TOF Axima Performance (Shimadzu)
Réservation
Interne IBPC
Un planning de réservation du MALDI-TOF est désormais disponible en ligne pour le personnel formé de l’IBPC. Pensez à réserver.
https://resa-equipement.ibpc.fr/
Externe IBPC
Pour toute demande de réservation externe à l’IBPC, ou pour toute demande de formation contacter :
Analyses
La plateforme propose différents types d’analyses :
- Préparation d’échantillon Digestion gel d’électrophorèse (spot ou bande)
- Digestion en solution
- Purification de peptides C18
- Identification de protéines purifiées
(mélange peptidique simple) - Identification de protéines en mélange complexe (séparation chromatographique préalable)
- Mesure de masse sur protéine entière
(en solution) - Protéomique quantitative : développement de techniques type label free
Des protocoles sont disponibles ci-dessous mais une prise de contact avec le plateau est recommandée avant toute préparation d’échantillon.
Pour toute demande d’analyse contacter : proteomics@ibpc.fr
Remerciements & Tarification
L’établissement de la tarification des prestations réalisées par la plateforme est en cours de réalisation.
Liste de publications
1. Lambert L, Carpentier F, André P, Marchand CH, Danon A. Type II metacaspase mediates light-dependent programmed cell death in Chlamydomonas reinhardtii. Plant Physiol. 2023, PMID: 37971939
2. Allouche D, Kostova G, Hamon M, Marchand CH, Caron M, Belhocine S, Christol N, Charteau V, Condon C, Durand S. New RoxS sRNA Targets Identified in Bacillus subtilis by Pulsed SILAC. Microbiol Spectr. 2023, PMC10433868
3. Lignieres L, Sénécaut N, Dang T, Bellutti L, Hamon M, Terrier S, Legros V, Chevreux G, Lelandais G, Mège RM, Dumont J, Camadro JM. Extending the Range of SLIM-Labeling Applications: From Human Cell Lines in Culture to Caenorhabditis elegans Whole-Organism Labeling. J Proteome Res. 2023, PMID: 36748112
4. Coutelier H, Ilioaia O, Le Peillet J, Hamon M, D’Amours D, Teixeira MT, Xu Z. The Polo kinase Cdc5 is regulated at multiple levels in the adaptation response to telomere dysfunction. Genetics. 2023 PMID: 36342193
5. De Carpentier F, Maes A, Marchand CH, Chung C, Durand C, Crozet P, Lemaire SD, Danon A. How abiotic stress-induced socialization leads to the formation of massive aggregates in Chlamydomonas. Plant Physiol. 2022, PMID: 35775951
6. Mattioli EJ, Rossi J, Meloni M, De Mia M, Marchand CH, Tagliani A, Fanti S, Falini G, Trost P, Lemaire SD, Fermani S, Calvaresi M, Zaffagnini M. Structural Snapshots of nitrosoglutathione binding and reactivity underlying S-nitrosylation of phosphosynthetic GAPDH. Redox Biol 2022, PMID: 35793584
7. Borde C, Dillard C, L’Honoré A, Quignon F, Hamon M, Marchand CH, Faccion RS, Costa MGS, Pramil E, Larsen AK, Sabbah M, Lemaire SD, Maréchal V, Escargueil AE. The C-Terminal Acidic Tail Modulates the Anticancer Properties of HMGB1. Int J Mol Sci. 2022, PMID: 35887213
8. Boussac A, Sellés J, Hamon M,SugiuraM. Properties of Photosystem II Lacking the PsbJ subunit. Photosynthesis Research. 2022, PMID: 34661808
9. Tagliani A, Rossi J, Marchand CH, De Mia M, Tedesco D, Gurrieri L, Meloni M, Falini G, Trost P, Lemaire SD, Fermani S, Zaffagnini M. Structural and functional insights into nitrosoglutathione reductase from Chlamydomonas reinhardtii. Redox Biol. 2021, PMID: 33316743
11. Martins L, Knuesting J, Bariat L, Dard A, Freibert SA, Marchand CH, Young D, Dung NHT, Voth W, Debures A, Saez-Vasquez J, Lemaire SD, Lill R, Messens J, Scheibe R, Reichheld JP, Riondet C. Redox Modification of the Iron-Sulfur Glutaredoxin GRXS17 Activates Holdase Activity and Protects Plants from Heat Stress. Plant Physiol. 2020, PMID: 32826321
12. Dezaire A, Marchand CH, Vallet M, Ferrand N, Chaouch S, Mouray E, Larsen AK, Sabbah M, Lemaire SD, Prado S, Escargueil AE (2020) Secondary Metabolites from the Culture of the Marine-derived Fungus Paradendryphiella salina PC 362H and Evaluation of the Anticancer Activity of Its Metabolite Hyalodendrin. Mar Drugs. 2020, PMID: 32260204
13. Zaffagnini M, Marchand CH, Malferrari M, Murail S, Bonacchi S, Genovese D, Montalti M, Venturoli G, Falini G, Baaden M, Lemaire SD, Fermani S, Trost P. Glutathionylation primes soluble glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase for late collapse into insoluble aggregates. Proc Natl Acad Sci U S A. 2019, PMID: 31772010
14. Caillet J, Baron B, Boni IV, Caillet-Saguy C, Hajnsdorf E. Identification of protein-protein and ribonucleoprotein complexes containing Hfq. Sci Rep. 2019, PMID: 31575967
15. Dautant A, Henri J, Wales TE, Meyer P, Engen JR, Georgescauld F. Remodeling of the Binding Site of Nucleoside Diphosphate Kinase Revealed by X-ray Structure and H/D Exchange. Biochemistry. 2019, PMID: 30785730
16. Shao Z, Borde C, Marchand CH, Lemaire SD, Busson P, Gozlan JM, Escargueil A, Maréchal V. Detection of IgG directed against a recombinant form of Epstein-Barr virus BALF0/1 protein in patients with nasopharyngeal carcinoma. Protein Expr Purif. 2019, PMID: 31145974
17. Marchand CH, Fermani S, Rossi J, Gurrieri L, Tedesco D, Henri J, Sparla F, Trost P, Lemaire SD, Zaffagnini M. Structural and Biochemical Insights into the Reactivity of Thioredoxin h1 from Chlamydomonas reinhardtii. Antioxidants (Basel). 2019, PMID: 30609656
18. Butcher F, Hamon M, Gäbelein P, Scholz M, Hippler M, Wollman FA. The labile interactions of cyclic electron flow effector proteins. J Biol Chem. 2018, PMID: 30228184
19. Zhan Y, Marchand CH, Maes A, Mauries A, Sun Y, Dhaliwal JS, Uniacke J, Arragain S, Jiang H, Gold ND, Martin VJJ, Lemaire SD, Zerges W. Pyrenoid functions revealed by proteomics in Chlamydomonas reinhardtii. PLoS One 2018, PMID: 29481573
20. Pérez-Pérez ME, Mauriès A, Maes A, Tourasse NJ, Hamon M, Lemaire SD, Marchand CH. The Deep Thioredoxome in Chlamydomonas reinhardtii: New Insights into Redox Regulation. Mol Plant. 2017, PMID: 28739495
21. Berger H, De Mia M, Morisse S, Marchand CH, Lemaire SD, Wobbe L, Kruse O. A Light Switch Based on Protein S-Nitrosylation Fine-Tunes Photosynthetic Light Harvesting in Chlamydomonas. Plant Physiol. 2016, PMID: 27208221