Plateforme de RMN biomoléculaire de l'IBPC
RMN
La plateforme de RMN biomoléculaire de l’IBPC est une plateforme de la fédération de recherche de l’IBPC (FR550). La plateforme sert à la coordination de la recherche dans le domaine de la spectroscopie par résonance magnétique nucléaire (RMN) au sein de l’IBPC. La plateforme offre aux chercheurs, étudiants et ingénieurs de l’IBPC un accès à une infrastructure de pointe pour l’étude de macromolécules biologiques et de leurs complexes. La plateforme a été installée en 2016 dans le cadre de l’Equipex CACSICE. Elle est composée d’un spectromètre Bruker Avance III-HD 700 MHz et de diverses sondes liquides et solides. En 2018, grâce à des financements complémentaires de la région Île-de-France et du Labex Dynamo, la plateforme a été équipée d’une cryoplateforme et d’une cryosonde liquide de dernière génération
Contact
Responsable scientifique
Pierre Barraud
DR CNRS – UMR8261
Ingénieur plateforme
Christel Le Bon
IR CNRS – UMR7099
Mail :
Pour les utilisateurs autonomes ayant une formation adéquate en spectroscopie RMN, le temps de spectromètre RMN nécessaire à leurs projets leur est simplement mis à disposition en fonction des disponibilités de l’appareil. La plateforme propose également des services simples (spectres 1D 1H, 2D 1H-15N, etc.) pour les utilisateurs qui ne disposent pas d’une autonomie suffisante, mais qui souhaitent obtenir rapidement des informations sur leur échantillon macromoléculaire (pureté, état de repliement, homogénéité, etc.).
Pour les projets plus ambitieux, l’expertise et le soutien peuvent être fournis par le biais d’une collaboration avec les membres de la plateforme. Cette expertise et ce soutien couvrent tous les aspects des études RMN des macromolécules biologiques en solution ou dans des environnements complexes, y compris l’expertise dans la préparation d’échantillons marqués isotopiquement, le montage d’expériences RMN, le traitement et l’analyse des données.
Depuis 2017, la plateforme RMN biomoléculaire est associée à l’organisation d’un workshop international, labellisé CNRS École thématique : » Practical school on advanced isotopic labeling methods for biological NMR « , qui a lieu tous les deux ans (AILM2024 est en mai).
Remerciements & Tarification
Phrase à inclure pour toute publication utilisant des résultats acquis gràce à la plateforme RMN biomoléculaire de l’IBPC :
« The authors acknowledge access to the biomolecular NMR platform of the IBPC that is supported by the CNRS, the Labex DYNAMO (ANR-11-LABX-0011), the Equipex CACSICE (ANR-11-EQPX-0008) and the Conseil Régional d’Île-de-France (SESAME grant) »
La décision relative aux tarifs de la plateforme RMN biomoléculaire de l’IBPC (DEC235620DR02) a établi les différents tarifs suivants (prix de vente unitaire – 1 journée):
- Clients Privés : 536.91 €
- Clients externes académiques : 447.42 €
- Clients partenaires* : 106.58 €
- Facturation interne* : 106.58 €
*Les couts éligibles pour des projets financés par l’Europe et l’ANR sont identiques.
Liste de publications
(1) Yared, M.-J.; Yoluç, Y.; Catala, M.; Tisné, C.; Kaiser, S.; Barraud, P. Different Modification Pathways for m1A58 Incorporation in Yeast Elongator and Initiator tRNAs. Nucleic Acids Research 2023, 51 (19), 10653–10667 https://doi.org/10.1093/nar/gkad722.
(2) Pozza, A.; Giraud, F.; Cece, Q.; Casiraghi, M.; Point, E.; Damian, M.; Le Bon, C.; Moncoq, K.; Banères, J.-L.; Lescop, E.; Catoire, L. J. Exploration of the Dynamic Interplay between Lipids and Membrane Proteins by Hydrostatic Pressure. Nat Commun 2022, 13 (1), 1780 https://doi.org/10.1038/s41467-022-29410-5.
(3) Mouhand, A.; Zargarian, L.; Belfetmi, A.; Catala, M.; Pasi, M.; Lescop, E.; Tisné, C.; Mauffret, O. Investigation of the Low-Populated Excited States of the HIV-1 Nucleocapsid Domain. Viruses 2022, 14 (3), 632 https://doi.org/10.3390/v14030632.
(4) Oerum, S.; Catala, M.; Bourguet, M.; Gilet, L.; Barraud, P.; Cianférani, S.; Condon, C.; Tisné, C. Structural Studies of RNase M5 Reveal Two-Metal-Ion Supported Two-Step dsRNA Cleavage for 5S rRNA Maturation. RNA Biology 2021, 18 (11), 1996–2006 https://doi.org/10.1080/15476286.2021.1885896.
(5) Gato, A.; Catala, M.; Tisné, C.; Barraud, P. A Method to Monitor the Introduction of Posttranscriptional Modifications in tRNAs with NMR Spectroscopy. In RNA Modifications: Methods and Protocols; McMahon, M., Ed.; Methods in Molecular Biology; Springer US: New York, NY, 2021; pp 307–323.
(6) Giusti, F.; Casiraghi, M.; Point, E.; Damian, M.; Rieger, J.; Bon, C. L.; Pozza, A.; Moncoq, K.; Banères, J.-L.; Catoire, L. J. Structure of the Agonist 12–HHT in Its BLT2 Receptor-Bound State. Sci Rep 2020, 10 (1), 1–13 https://doi.org/10.1038/s41598-020-59571-6.
(7) Catala, M.; Gato, A.; Tisné, C.; Barraud, P. 1H, 15N Chemical Shift Assignments of the Imino Groups of Yeast tRNAPhe: Influence of the Post-Transcriptional Modifications. Biomol NMR Assign 2020, 14 (2), 169–174 https://doi.org/10.1007/s12104-020-09939-6.
(8) Bou-Nader, C.; Pecqueur, L.; Barraud, P.; Fontecave, M.; Tisné, C.; Sacquin-Mora, S.; Hamdane, D. Conformational Stability Adaptation of a Double-Stranded RNA-Binding Domain to Transfer RNA Ligand. Biochemistry 2019, 58 (20), 2463–2473 https://doi.org/10.1021/acs.biochem.9b00111.
(9) Barraud, P.; Gato, A.; Heiss, M.; Catala, M.; Kellner, S.; Tisné, C. Time-Resolved NMR Monitoring of tRNA Maturation. Nat Commun 2019, 10 (1), 3373 https://doi.org/10.1038/s41467-019-11356-w.
(10) Mouhand, A.; Belfetmi, A.; Catala, M.; Larue, V.; Zargarian, L.; Brachet, F.; Gorelick, R. J.; Van Heijenoort, C.; Mirambeau, G.; Barraud, P.; Mauffret, O.; Tisné, C. Modulation of the HIV Nucleocapsid Dynamics Finely Tunes Its RNA-Binding Properties during Virion Genesis. Nucleic Acids Res 2018 https://doi.org/10.1093/nar/gky612.
(11) El Meshri, S. E.; Boutant, E.; Mouhand, A.; Thomas, A.; Larue, V.; Richert, L.; Vivet-Boudou, V.; Mély, Y.; Tisné, C.; Muriaux, D.; de Rocquigny, H. The NC Domain of HIV-1 Gag Contributes to the Interaction of Gag with TSG101. Biochimica et Biophysica Acta (BBA) – General Subjects 2018, 1862 (6), 1421–1431 https://doi.org/10.1016/j.bbagen.2018.03.020.